Subversion Repositories f9daq

Rev

Rev 167 | Go to most recent revision | Details | Last modification | View Log | RSS feed

Rev Author Line No. Line
146 f9daq 1
#include "../include/sipmscan.h"
2
#include "../include/workstation.h"
3
 
4
#include <stdio.h>
5
#include <stdlib.h>
6
 
7
// Peak detection function
8
int npeaks = 20;
9
double FindPeaks(double *x, double *par)
10
{
11
   double result = 0;
12
   for(int i = 0; i < npeaks; i++)
13
   {
14
      double norm = par[3*i];
15
      double mean = par[3*i+1];
16
      double sigma = par[3*i+2];
17
      result += norm*TMath::Gaus(x[0], mean, sigma);
18
   }
19
   return result;
20
}
21
 
22
// File browser for selecting the dark run histogram
23
void TGAppMainFrame::SelectDarkHist()
24
{
25
   TGFileInfo file_info;
26
   const char *filetypes[] = {"Histograms",histextall,0,0};
27
   char *cTemp;
28
   file_info.fFileTypes = filetypes;
29
   cTemp = new char[1024];
30
   sprintf(cTemp, "%s/results", rootdir);
31
   file_info.fIniDir = StrDup(cTemp);
32
   file_info.fMultipleSelection = kFALSE;
33
   new TGFileDialog(gClient->GetDefaultRoot(), fMain, kFDOpen, &file_info);
34
   delete[] cTemp;
35
 
36
   if(file_info.fFilename != NULL)
37
   {
38
      darkRun->widgetTE->SetText(file_info.fFilename);
39
      fileList->AddEntry(file_info.fFilename, fileList->GetNumberOfEntries());
40
      fileList->Layout();
41
   }
42
   else
43
      darkRun->widgetTE->SetText("");
44
}
45
 
46
// Reset analysis defaults for the current analysis type (0 = Integrate spectrum, 1 = Relative PDE, 2 = Breakdown voltage, 3 = Surface scan, 4 = Timing analysis)
47
void TGAppMainFrame::AnalysisDefaults()
48
{
49
   printf("AnalysisDefaults(): Current analysis tab = %d\n", analTab->GetCurrent());
50
   if(analTab->GetCurrent() == 0)       // Integrate spectrum
51
   {
52
      intSpect->widgetChBox[0]->SetState(kButtonUp);
53
      intSpect->widgetChBox[1]->SetState(kButtonUp);
54
      intSpect->widgetChBox[2]->SetState(kButtonDown);
55
      resol2d->widgetNE[0]->SetNumber(40);
56
      resol2d->widgetNE[1]->SetNumber(40);
57
   }
58
   else if(analTab->GetCurrent() == 1)  // Relative PDE
59
   {
60
      relPde->widgetChBox[1]->SetState(kButtonDown);
61
      midPeak->widgetChBox[0]->SetState(kButtonUp);
62
      zeroAngle->widgetNE[0]->SetNumber(0.00);
63
   }
64
   else if(analTab->GetCurrent() == 2)  // Breakdown voltage
65
   {
66
      minPeak->widgetNE[0]->SetNumber(2);
67
      minPeak->widgetNE[0]->SetNumber(1);
68
   }
69
   else if(analTab->GetCurrent() == 3)  // Surface scan
70
   {
71
      surfScanOpt->widgetChBox[0]->SetState(kButtonDown);
72
      surfScanOpt->widgetChBox[1]->SetState(kButtonUp);
73
      resolSurf->widgetNE[0]->SetNumber(40);
74
      resolSurf->widgetNE[1]->SetNumber(40);
75
   }
76
}
77
 
78
// Analysis handle function
79
void TGAppMainFrame::AnalysisHandle(int type)
80
{
81
   TList *files;
82
   bool createTab = true;
83
   int tabid = -1;
84
   int analtab = analTab->GetCurrent();
85
 
86
   int analtype;
87
   if( (analtab == 0) && (!intSpect->widgetChBox[0]->IsDown() && !intSpect->widgetChBox[1]->IsDown()) )
88
      analtype = 0;
89
   else if( (analtab == 0) && (intSpect->widgetChBox[0]->IsDown() || intSpect->widgetChBox[1]->IsDown()) )
90
      analtype = 1;
91
   else if( analtab == 1 )
92
      analtype = 2;
93
   else if( analtab == 2 )
94
      analtype = 3;
95
   else if( analtab == 3 )
96
      analtype = 4;
97
 
98
   // Only integrate spectrum or make relative PDE
99
   if(type == 0)
100
   {
101
      files = new TList();
102
      fileList->GetSelectedEntries(files);
103
 
104
      if( analtype == 0 )
105
         IntegSpectrum(files, 0, 0);
106
 
107
      if( intSpect->widgetChBox[0]->IsDown() )
108
         IntegSpectrum(files, 1, 0);
109
 
110
      if( intSpect->widgetChBox[1]->IsDown() )
111
         IntegSpectrum(files, 2, 0);
112
 
113
      if( analtype == 2 )
114
         PhotonMu(files, 0);
115
 
116
      if( analtype == 3 )
117
         BreakdownVolt(files, 0);
118
 
119
      if( analtype == 4 )
120
         SurfaceScan(files, 0);
121
   }
122
   // Integrate spectrum or make relative PDE and open edit window
123
   else if(type == 1)
124
   {
125
      files = new TList();
126
      fileList->GetSelectedEntries(files);
127
 
128
      // Prepare a new analysis edit tab, if we want to edit plots
129
      for(int i = 0; i < fTab->GetNumberOfTabs(); i++)
130
      {
131
         if(strcmp("Analysis edit", fTab->GetTabTab(i)->GetString() ) == 0)
132
         {
133
            createTab = false;
134
            tabid = i;
135
         }
136
 
137
         if(DBGSIG) printf("AnalysisHandle(): Name of tab = %s\n", fTab->GetTabTab(i)->GetString() );
138
      }
139
 
140
      if(files->GetSize() > 0)
141
      {
142
         TempAnalysisTab(fTab, createTab, &tabid, analtype);
143
 
144
         // Integrate spectra
145
         if( analtype == 0 )
146
            IntegSpectrum(files, 0, 1);
147
 
148
         if( intSpect->widgetChBox[0]->IsDown() )
149
            IntegSpectrum(files, 1, 1);
150
 
151
         if( intSpect->widgetChBox[1]->IsDown() )
152
            IntegSpectrum(files, 2, 1);
153
 
154
         if( analtype == 2 )
155
            PhotonMu(files, 1);
156
 
157
         if( analtype == 3 )
158
            BreakdownVolt(files, 1);
159
 
160
         if( analtype == 4 )
161
            SurfaceScan(files, 1);
162
 
163
         fTab->SetTab(tabid);
164
      }
165
   }
166
 
167
   delete files;
168
}
169
 
170
// Analysis functions ----------------------------------
171
void TGAppMainFrame::IntegSpectrum(TList *files, int direction, int edit)
172
{
173
   unsigned int nrfiles = files->GetSize();
174
   char ctemp[1024];
175
   char exportname[1024];
176
   int j, k = 0, m = 0;
177
 
178
   TTree *header_data, *meas_data;
179
   double *integralCount, *integralAcc;
180
   integralCount = new double[nrfiles];
181
   integralAcc = new double[nrfiles];
182
   double *surfxy, *surfz;
183
   surfxy = new double[nrfiles];
184
   surfz = new double[nrfiles];
185
   double minInteg, maxInteg;
186
   bool norm = intSpect->widgetChBox[2]->IsDown();
187
   double curzval;
188
   bool edge2d = false;
189
   TCanvas *gCanvas;
190
 
191
   float progVal = 0;
192
   analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
193
   gVirtualX->Update(1);
194
 
195
   // Zero the integral count and accumulated vaules
196
   for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++) {integralCount[i] = 0; integralAcc[i] = 0; }
197
 
198
   // Start if we select at least one file
199
   if(nrfiles > 0)
200
   {
201
      for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++)
202
      {
203
         if(files->At(i))
204
         {
205
            // Read the X,Y and Z positions from header and ADC and TDC values from the measurements
206
            sprintf(ctemp, "%s", files->At(i)->GetTitle());
207
            inroot = new TFile(ctemp, "READ");
208
 
209
            inroot->GetObject("header_data", header_data);
210
            inroot->GetObject("meas_data", meas_data);
211
 
212
            header_data->SetBranchAddress("xpos", &evtheader.xpos);
213
            header_data->GetEntry(0);
214
            header_data->SetBranchAddress("ypos", &evtheader.ypos);
215
            header_data->GetEntry(0);
216
            header_data->SetBranchAddress("zpos", &evtheader.zpos);
217
            header_data->GetEntry(0);
218
 
219
            char rdc[256];
220
            j = selectCh->widgetNE[0]->GetNumber();
221
            double rangetdc[2];
222
            rangetdc[0] = tdcRange->widgetNE[0]->GetNumber();
223
            rangetdc[1] = tdcRange->widgetNE[1]->GetNumber();
224
 
225
            k = 0;
226
            m = 0;
227
 
228
            // Reading the data
229
            for(int e = 0; e < meas_data->GetEntries(); e++)
230
            {
231
               sprintf(rdc, "ADC%d", j);
232
               meas_data->SetBranchAddress(rdc, &evtdata.adcdata[j]);
233
               meas_data->GetEntry(e);
234
 
235
               sprintf(rdc, "TDC%d", j);
236
               meas_data->SetBranchAddress(rdc, &evtdata.tdcdata[j]);
237
               meas_data->GetEntry(e);
238
 
239
               // Use data point only if it is inside the TDC window
240
               if( ((double)evtdata.tdcdata[j]/tdctimeconversion >= rangetdc[0]) && ((double)evtdata.tdcdata[j]/tdctimeconversion <= rangetdc[1]) )
241
               {
242
                  k++;
243
                  m += evtdata.adcdata[j];
244
               }
245
            }
246
 
247
            // X, Y and Z values from each file (table units or microns)
248
            if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
249
            {
250
               if(direction == 1)
251
                  surfxy[i] = (double)(evtheader.xpos);
252
               else if(direction == 2)
253
                  surfxy[i] = (double)(evtheader.ypos);
254
               surfz[i] = (double)(evtheader.zpos);
255
            }
256
            else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
257
            {
258
               if(direction == 1)
259
                  surfxy[i] = (double)(evtheader.xpos*lenconversion);
260
               else if(direction == 2)
261
                  surfxy[i] = (double)(evtheader.ypos*lenconversion);
262
               surfz[i] = (double)(evtheader.zpos*lenconversion);
263
            }
264
 
265
            // Check if we have different Z values: if no, just make the edge plots; if yes, save edge plots and make a 2d edge plot
266
            if(i == 0) curzval = surfz[i];
267
            else
268
            {
269
               if(surfz[i] != curzval)
270
                  edge2d = true;
271
            }
272
 
273
            // Print the calculated integral, if no X or Y direction edge plots are enabled; otherwise, just save for later plotting
274
            if(direction == 0)
275
            {
276
               if(norm)
277
               {
278
                  integralCount[i] += ((double)m)/((double)k);
279
                  printf("IntegSpectrum(): %s: The integral is: %lf\n", ctemp, integralCount[i]);
280
               }
281
               else
282
               {
283
                  integralCount[i] += m;
284
                  printf("IntegSpectrum(): %s: The integral is: %d\n", ctemp, (int)integralCount[i]);
285
               }
286
            }
287
            else
288
            {
289
               if(norm)
290
                  integralCount[i] += ((double)m)/((double)k);
291
               else
292
                  integralCount[i] += m;
293
            }
294
 
295
            inroot->Close();
296
            delete inroot;
297
         }
298
 
299
         // Update the progress bar
300
         progVal = (float)(75.00/nrfiles)*i;
301
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
302
         gVirtualX->Update(1);
303
      }
304
 
305
      printf("IntegSpectrum(): %d files were selected.\n", nrfiles);
306
 
307
      // If only an integral is needed, do not plot and exit here
308
      if( direction == 0 )
309
      {
310
         delete[] integralCount;
311
         delete[] surfxy;
312
         delete[] surfz;
313
         return;
314
      }
315
 
316
      // Current z value and the accumulated counter
317
      curzval = surfz[0];
318
      j = 0;
319
      int acc = 0;
320
      int zb;
321
      for(int i = 0; i <= (int)nrfiles; i++)
322
      {
323
         // Collect the accumulated integral in order to produce a PDF from a CDF
324
         // While we are at the same Z value, save under one set
325
         if( (surfz[i] == curzval) && (acc != nrfiles) )
326
         {
327
            integralAcc[j] = integralCount[i];
328
            if(DBGSIG) printf("IntegSpectrum(): Integral check 1 (i=%d,j=%d,z=%.2lf): %lf\t%lf\n", i, j, surfz[i], integralCount[i], integralAcc[j]);
329
            j++;
330
            acc++;
331
         }
332
         // When we switch to a new set of Z values and at the end, we must save the previous ones to make 1D edge plots
333
         else
334
         {
335
            // Find minimal and maximal integral values to subtract the offset and normate PDF to 1
336
            NormateSet(i, j, &minInteg, &maxInteg, integralCount, integralAcc);
337
 
338
            if(acc != nrfiles)
339
            {
340
               curzval = surfz[i];
341
               // PDF and CDF plot
342
               PlotEdgeDistribution(files, i, j, &minInteg, &maxInteg, surfxy, integralAcc, direction, edge2d, edit);
343
               i--;
344
               j = 0;
345
            }
346
            else
347
            {
348
               // PDF and CDF plot
349
               PlotEdgeDistribution(files, i, j, &minInteg, &maxInteg, surfxy, integralAcc, direction, edge2d, edit);
350
               i--;
351
               break;
352
            }
353
         }
354
 
355
         // Update the progress bar
356
         progVal = (float)(15.00/nrfiles)*i+75.00;
357
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
358
         gVirtualX->Update(1);
359
      }
360
 
361
      // Make the 2D edge plot
362
      if(edge2d)
363
      {
364
         if(edit == 0)
365
            gCanvas = new TCanvas("canv","canv",900,900);
366
         else
367
            gCanvas = tempAnalysisCanvas->GetCanvas();
368
 
369
         double range[4];
370
         TGraph2D *gScan2D;
371
         gScan2D = new TGraph2D();
372
         range[0] = TMath::MinElement(nrfiles, surfxy);
373
         range[1] = TMath::MaxElement(nrfiles, surfxy);
374
         range[2] = TMath::MinElement(nrfiles, surfz);
375
         range[3] = TMath::MaxElement(nrfiles, surfz);
376
 
377
         for(int i = 0; i < nrfiles; i++)
378
         {
379
            if(DBGSIG)
380
               printf("IntegSpectrum(): %.2lf\t%.2lf\t%lf\n", surfxy[i], surfz[i], integralCount[i]);
381
            gScan2D->SetPoint(i, surfxy[i], surfz[i], integralCount[i]);
382
 
383
            // Update the progress bar
384
            progVal = (float)(9.00/nrfiles)*i+90.00;
385
            analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
386
            gVirtualX->Update(1);
387
         }
388
 
389
         gCanvas->cd();
390
         gStyle->SetPalette(1);
391
         gCanvas->SetLeftMargin(0.15);
392
         gCanvas->SetRightMargin(0.126);
393
         gCanvas->SetTopMargin(0.077);
394
         gScan2D->Draw("COLZ");
395
 
396
         gCanvas->Modified();
397
         gCanvas->Update();
398
 
399
         gScan2D->SetNpx((int)resol2d->widgetNE[0]->GetNumber());
400
         gScan2D->SetNpy((int)resol2d->widgetNE[1]->GetNumber());
401
 
402
         gCanvas->Modified();
403
         gCanvas->Update();
404
 
405
         if(direction == 1)
406
            gScan2D->GetXaxis()->SetTitle("X [#mum]");
407
         else if(direction == 2)
408
            gScan2D->GetXaxis()->SetTitle("Y [#mum]");
409
 
410
 
411
         gScan2D->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
412
         gScan2D->GetXaxis()->CenterTitle(kTRUE);
413
         gScan2D->GetXaxis()->SetLabelSize(0.027);
414
         gScan2D->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
415
         gScan2D->GetXaxis()->SetRangeUser(range[0], range[1]);
416
         gScan2D->GetXaxis()->SetNoExponent(kTRUE);
417
         gScan2D->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.9);
418
         gScan2D->GetYaxis()->CenterTitle(kTRUE);
419
         gScan2D->GetYaxis()->SetLabelSize(0.027);
420
         gScan2D->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
421
         gScan2D->GetYaxis()->SetRangeUser(range[2], range[3]);
422
         gScan2D->GetYaxis()->SetNoExponent(kTRUE);
423
 
424
/*         TGaxis *yax = (TGaxis*)gScan2D->GetYaxis();
425
         yax->SetMaxDigits(4);*/
426
 
427
         if(!cleanPlots)
428
         {
429
            if(direction == 1)
430
            {
431
               if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
432
                  gScan2D->SetTitle("Laser focal point;X [table units];Z [table units]");
433
               else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
434
                  gScan2D->SetTitle("Laser focal point;X [#mum];Z [#mum]");
435
            }
436
            else if(direction == 2)
437
            {
438
               if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
439
                  gScan2D->SetTitle("Laser focal point;Y [table units];Z [table units]");
440
               else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
441
                  gScan2D->SetTitle("Laser focal point;Y [#mum];Z [#mum]");
442
            }
443
         }
444
         else
445
         {
446
            if(direction == 1)
447
            {
448
               if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
449
                  gScan2D->SetTitle(";X [table units];Z [table units]");
450
               else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
451
                  gScan2D->SetTitle(";X [#mum];Z [#mum]");
452
            }
453
            else if(direction == 2)
454
            {
455
               if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
456
                  gScan2D->SetTitle(";Y [table units];Z [table units]");
457
               else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
458
                  gScan2D->SetTitle(";Y [#mum];Z [#mum]");
459
            }
460
         }
461
 
462
         gCanvas->Modified();
463
         gCanvas->Update();
464
 
465
         remove_from_last((char*)files->At(0)->GetTitle(), '_', ctemp);
466
         sprintf(exportname, "%s", ctemp);
467
         remove_from_last(exportname, '_', ctemp);
468
         if(direction == 1)
469
            sprintf(exportname, "%s_xdir_focalpoint.pdf", ctemp);
470
         else if(direction == 2)
471
            sprintf(exportname, "%s_ydir_focalpoint.pdf", ctemp);
472
         gCanvas->SaveAs(exportname);
473
 
474
         // Update the progress bar
475
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(100.0);
476
         gVirtualX->Update(1);
477
 
478
         if(edit == 0)
479
         {
480
            delete gScan2D;
481
            delete gCanvas;
482
         }
483
      }
484
      else
485
      {
486
         // Update the progress bar
487
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(100.0);
488
         gVirtualX->Update(1);
489
      }
490
   }
491
}
492
 
493
void TGAppMainFrame::PlotEdgeDistribution(TList *files, int filenr, int points, double *min, double *max, double *xy, double *integAcc, int axis, bool edge2d, int edit)
494
{
495
   TGraph *gScan[2];
496
   int pdfmax = -1;
497
   int count = 0;
498
   char ctemp[1024];
499
   char exportname[1024];
500
   TCanvas *gCanvas;
501
 
502
   // Prepare the CDF plot
503
   gScan[1] = new TGraph();
504
   for(int i = 0; i < points; i++)
505
   {
506
      count = filenr - points + i;
507
      gScan[1]->SetPoint(i, (double)xy[count], (double)integAcc[i]/(*max));
508
      if(DBGSIG) printf("PlotEdgeDistribution(): CDF %d: %lf, %lf\n", i, (double)xy[count], (double)integAcc[i]/(*max));
509
 
510
      if( ((integAcc[i+1]-integAcc[i])/(*max) > pdfmax) && (i < points-1) )
511
         pdfmax = (integAcc[i+1]-integAcc[i])/(*max);
512
   }
513
 
514
   pdfmax = (TMath::Ceil(pdfmax*10))/10.;
515
 
516
   // Prepare the PDF plot
517
   gScan[0] = new TGraph();
518
   for(int i = points-1; i >= 0; i--)
519
   {
520
      count = (filenr-1) - (points-1) + i;
521
      // Set any negative values of the PDF to 0
522
      if( (integAcc[i]-integAcc[i-1])/(*max) < 0 )
523
         gScan[0]->SetPoint(i, (double)xy[count], 0);
524
      else
525
         gScan[0]->SetPoint(i, (double)xy[count], (integAcc[i]-integAcc[i-1])/(*max));
526
      if(DBGSIG) printf("PlotEdgeDistribution(): PDF %d: %lf, %lf\n", i, (double)xy[count], (integAcc[i+1]-integAcc[i])/(*max));
527
   }
528
 
529
   remove_from_last((char*)files->At(filenr-1)->GetTitle(), '_', ctemp);
530
   sprintf(exportname, "%s_edge.pdf", ctemp);
531
 
532
   if(edit == 0)
533
      gCanvas = new TCanvas("canv1d","canv1d",1200,900);
534
   else
535
      gCanvas = tempAnalysisCanvas->GetCanvas();
536
 
537
   // Fit the PDF with a gaussian
538
   gScan[0]->Fit("gaus","Q");
539
   gScan[0]->GetFunction("gaus")->SetNpx(400);
540
 
541
   gStyle->SetOptFit(1);
542
 
543
   gScan[1]->Draw("AL");
544
   gPad->Update();
545
   gScan[0]->Draw("LP");
546
 
547
   gCanvas->Modified();
548
   gCanvas->Update();
549
 
550
   TPaveStats *stats = (TPaveStats*)gScan[0]->FindObject("stats");
551
   if(!cleanPlots)
552
   {
553
      stats->SetX1NDC(0.86); stats->SetX2NDC(1.0);
554
      stats->SetY1NDC(0.87); stats->SetY2NDC(1.0);
555
   }
556
   else
557
   {
558
      stats->SetX1NDC(1.1); stats->SetX2NDC(1.3);
559
      stats->SetY1NDC(1.1); stats->SetY2NDC(1.3);
560
   }
561
 
562
   gCanvas->SetGridx(1);
563
   gCanvas->SetGridy(1);
564
   if(axis == 1)
565
      gScan[1]->GetXaxis()->SetTitle("X [#mum]");
566
   else if(axis == 2)
567
      gScan[1]->GetXaxis()->SetTitle("Y [#mum]");
568
   gScan[1]->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
569
   gScan[1]->GetXaxis()->CenterTitle(kTRUE);
570
   gScan[1]->GetXaxis()->SetLabelSize(0.027);
571
   gScan[1]->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
572
   gScan[1]->GetXaxis()->SetNoExponent(kTRUE);
573
   gScan[1]->GetYaxis()->SetTitle("Normalized ADC integral");
574
 
575
   gScan[1]->GetYaxis()->CenterTitle(kTRUE);
576
   gScan[1]->GetYaxis()->SetLabelSize(0.027);
577
   gScan[1]->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.02);
578
   gScan[1]->GetYaxis()->SetRangeUser(0,1);
579
   gScan[1]->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.4);
580
   gScan[1]->GetYaxis()->SetTitleSize(0.030);
581
 
582
   if(!cleanPlots)
583
   {
584
      if(axis == 1)
585
      {
586
         if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
587
            gScan[1]->SetTitle("SiPM edge detection;X [table units];Normalized ADC integral");
588
         else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
589
            gScan[1]->SetTitle("SiPM edge detection;X [#mum];Normalized ADC integral");
590
      }
591
      else if(axis == 2)
592
      {
593
         if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
594
            gScan[1]->SetTitle("SiPM edge detection;Y [table units];Normalized ADC integral");
595
         else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
596
            gScan[1]->SetTitle("SiPM edge detection;Y [#mum];Normalized ADC integral");
597
      }
598
   }
599
   else
600
   {
601
      if(axis == 1)
602
      {
603
         if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
604
            gScan[1]->SetTitle(";X [table units];Normalized ADC integral");
605
         else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
606
            gScan[1]->SetTitle(";X [#mum];Normalized ADC integral");
607
      }
608
      else if(axis == 2)
609
      {
610
         if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
611
            gScan[1]->SetTitle(";Y [table units];Normalized ADC integral");
612
         else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
613
            gScan[1]->SetTitle(";Y [#mum];Normalized ADC integral");
614
      }
615
   }
616
   gScan[1]->SetLineColor(kBlue);
617
   gScan[0]->SetLineWidth(2);
618
   gScan[1]->SetLineWidth(2);
619
 
620
   gCanvas->Modified();
621
   gCanvas->Update();
622
 
623
   gCanvas->SaveAs(exportname);
624
 
625
   // If 2D edge plot, delete the 1D edge plots as we go
626
   if(edge2d)
627
   {
628
      delete gScan[0];
629
      delete gScan[1];
630
      if(edit == 0)
631
         delete gCanvas;
632
   }
633
   else
634
   {
635
      if(edit == 0)
636
      {
637
         delete gScan[0];
638
         delete gScan[1];
639
         delete gCanvas;
640
      }
641
   }
642
}
643
 
644
void TGAppMainFrame::PhotonMu(TList *files, int edit)
645
{
646
   unsigned int nrfiles = files->GetSize();
647
   char ctemp[1024];
648
   char exportname[1024];
649
   int j, k = 0, m = 0, n = 0, k2 = 0, m2 = 0;
650
 
651
   TCanvas *gCanvas;
652
   TTree *header_data, *meas_data;
653
   double *integralCount, *integralPedestal;
654
   integralCount = new double[nrfiles];
655
   integralPedestal = new double[nrfiles];
656
   double *angle, *pdeval, *muval;
657
   angle = new double[nrfiles];
658
   pdeval = new double[nrfiles];
659
   muval = new double[nrfiles];
660
 
661
   // Zero the integral count and accumulated vaules
662
   for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++) {integralCount[i] = 0; integralPedestal[i] = 0; }
663
 
664
   // Fitting variables
665
   TSpectrum *spec;
666
   TH1F *histtemp;
667
   TH1 *histback;
668
   TH1F *h2;
669
   float *xpeaks;
670
   TF1 *fit;
671
   TF1 *fittingfunc;
672
   double *fparam, *fparamerr;
673
   double meansel[20];
674
   double sigmasel[20];
675
   double meanparam, paramsigma;
676
   int sortindex[20];
677
   int adcpedestal[2];
678
   int zeromu = 0;
679
   int darkhist = -1;
680
 
681
   double pointest[12];
682
   bool exclude = false;
683
 
684
   // Zero the parameter values
685
   for(int i = 0; i < 20; i++) {meansel[i] = 0; sigmasel[i] = 0; }
686
 
687
   float progVal = 0;
688
   analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
689
   gVirtualX->Update(1);
690
 
691
   // Start if we select at least one file
692
   if(nrfiles > 0)
693
   {
694
      for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++)
695
      {
696
         if(files->At(i))
697
         {
698
            if(strcmp(files->At(i)->GetTitle(),darkRun->widgetTE->GetText()) == 0)
699
            {
700
               printf("PhotonMu(): %s is the dark histogram file.\n", files->At(i)->GetTitle());
701
               darkhist = i;
702
            }
703
 
704
            // Replot the spectrum on analysisCanvas and do not close the input file
705
            DisplayHistogram( (char*)(files->At(i)->GetTitle()), 0, 1);
706
            analysisCanvas->GetCanvas()->Modified();
707
            analysisCanvas->GetCanvas()->Update();
708
 
709
            // Get the spectrum
710
            histtemp = (TH1F*)analysisCanvas->GetCanvas()->GetPrimitive(histname);
711
            npeaks = 15;
712
            double par[300];
713
            spec = new TSpectrum(npeaks);
714
            // Find spectrum background
715
            histback = spec->Background(histtemp, (int)fitInter->widgetNE[0]->GetNumber(), "same");
716
            // Clone histogram and subtract background from it if we select that option
717
            h2 = (TH1F*)histtemp->Clone("h2");
718
            if(fitChecks->widgetChBox[0]->IsDown())
719
               h2->Add(histback, -1);
720
            // Search for the peaks
721
            int found = spec->Search(h2, fitSigma->widgetNE[0]->GetNumber(), "goff", fitTresh->widgetNE[0]->GetNumber() );
722
            printf("PhotonMu(): Found %d candidates to fit.\n",found);
723
            npeaks = found;
724
 
725
            // Set initial peak parameters
726
            xpeaks = spec->GetPositionX();
727
            for(j = 0; j < found; j++)
728
            {
729
               float xp = xpeaks[j];
730
               int bin = h2->GetXaxis()->FindBin(xp);
731
               float yp = h2->GetBinContent(bin);
732
               par[3*j] = yp;
733
               par[3*j+1] = xp;
734
               par[3*j+2] = (double)fitSigma->widgetNE[0]->GetNumber();
735
            }
736
 
737
            // Fit the histogram
738
            fit = new TF1("fit", FindPeaks, adcRange->widgetNE[0]->GetNumber(), adcRange->widgetNE[1]->GetNumber(), 3*npeaks);
739
            TVirtualFitter::Fitter(histtemp, 3*npeaks);
740
            fit->SetParameters(par);
741
            fit->SetNpx(300);
742
            h2->Fit("fit","Q");
743
            // Get the fitted parameters
744
            fittingfunc = h2->GetFunction("fit");
745
            fparam = fittingfunc->GetParameters();
746
            fparamerr = fittingfunc->GetParErrors();
747
 
748
            // Gather the parameters (mean peak value for now)
749
            int j = 1;
750
            int nrfit = 0;
751
            while(1)
752
            {
753
               if( (fparam[j] < 1.E-30) || (nrfit > 8) )
754
                  break;
755
               else
756
               {
757
                  // Check if pedestal is above the lower limit and sigma is smaller than the mean
758
                  if( (fparam[j] > pedesLow->widgetNE[0]->GetNumber()) && ((double)fparamerr[j]/fparam[j] < accError->widgetNE[0]->GetNumber()) )
759
                  {
760
                     // With the additional ADC offset, we can shift the mean values slightly, so they are not close to the X.5, but to the X.0 values
761
                     meansel[nrfit] = fparam[j]+(adcOffset->widgetNE[0]->GetNumber());
762
                     sigmasel[nrfit] = fparam[j+1];
763
                     nrfit++;
764
                  }
765
               }
766
 
767
               j+=3;
768
            }
769
            TMath::Sort(nrfit, meansel, sortindex, kFALSE);
770
 
771
            meanparam = meansel[sortindex[0]];
772
            paramsigma = sigmasel[sortindex[0]];
773
 
774
            for(j = 0; j < nrfit; j++)
775
               if(DBGSIG)
776
                  printf("PhotonMu(): %d: peak mean = %lf\n", j, meansel[sortindex[j]]);
777
 
778
            j = 0;
779
            adcpedestal[0] = 0;
780
            adcpedestal[1] = -1;
781
 
782
            while(1)
783
            {
784
               int bin = histtemp->GetXaxis()->FindBin((int)(j+meanparam+paramsigma));
785
               int yp = histtemp->GetBinContent(bin);
786
 
787
               // Check where we get to first minimum after pedestal peak or where we get to the half maximum of the pedestal peak (in case there is only a pedestal peak)
788
               if(adcpedestal[1] == -1)
789
               {
790
                  adcpedestal[0] = j+meanparam+paramsigma;
791
                  adcpedestal[1] = yp;
792
               }
793
               else
794
               {
795
                  if( (npeaks > 1) && (adcpedestal[1] >= yp) )
796
                  {
797
                     adcpedestal[0] = j+meanparam+paramsigma;
798
                     adcpedestal[1] = yp;
799
                  }
800
                  else if( (npeaks == 1) && (adcpedestal[0] < meanparam+5*paramsigma) ) // TODO -> Determining the pedestal when only one peak
801
                  {
802
                     adcpedestal[0] = j+meanparam+paramsigma;
803
                     adcpedestal[1] = yp;
804
                  }
805
                  else
806
                     break;
807
               }
808
 
809
               j++;
810
               if(j > 50) break;
811
            }
812
 
813
            if(npeaks > 1)
814
            {
815
               int bin = histtemp->GetXaxis()->FindBin((int)(meanparam+meansel[sortindex[1]])/2);
816
               adcpedestal[0] = (meanparam+meansel[sortindex[1]])/2;
817
               printf("PhotonMu(): multipeak x = %d, ", adcpedestal[0]);
818
               adcpedestal[1] = histtemp->GetBinContent(bin);
819
            }
820
 
821
            if(midPeak->widgetChBox[0]->IsDown())
822
            {
823
               if( (meanparam - (int)meanparam >= 0.) && (meanparam - (int)meanparam < 0.5) )
824
                  m = TMath::Floor(meanparam);
825
               else if( (meanparam - (int)meanparam >= 0.5) && (meanparam - (int)meanparam < 1.) )
826
                  m = TMath::Ceil(meanparam);
827
               int bin = histtemp->GetXaxis()->FindBin(m);
828
               adcpedestal[0] = m;
829
               printf("midpeak x = %d, ", adcpedestal[0]);
830
               adcpedestal[1] = histtemp->GetBinContent(bin);
831
            }
832
 
833
/*          // Option to show the fit
834
            fittingfunc->Draw("L SAME");
835
            analysisCanvas->GetCanvas()->Modified();
836
            analysisCanvas->GetCanvas()->Update();*/
837
 
838
            printf("Pedestal ends = %d and nr. of counts = %d\n", adcpedestal[0], adcpedestal[1]);
839
 
840
            // Delete the opened histogram and spectrum
841
            delete spec;
842
            delete inroot;
843
 
844
            // Open the input file and read header, ADC and TDC values
845
            sprintf(ctemp, "%s", files->At(i)->GetTitle());
846
            inroot = new TFile(ctemp, "READ");
847
 
848
            inroot->GetObject("header_data", header_data);
849
            inroot->GetObject("meas_data", meas_data);
850
 
851
            // Reading the header
852
            if( header_data->FindBranch("angle") )
853
            {
854
               header_data->SetBranchAddress("angle", &evtheader.angle);
855
               header_data->GetEntry(0);
856
            }
857
            else
858
            {
859
               printf("PhotonMu(): Error! Selected file has no angle header value. Please edit header to add the angle header value.\n");
860
               break;
861
            }
862
 
863
            char rdc[256];
864
            j = selectCh->widgetNE[0]->GetNumber();
865
            double rangetdc[2];
866
            rangetdc[0] = tdcRange->widgetNE[0]->GetNumber();
867
            rangetdc[1] = tdcRange->widgetNE[1]->GetNumber();
868
 
869
            k = 0;
870
            k2 = 0;
871
            m = 0;
872
            m2 = 0;
873
 
874
            // Reading the data
875
            for(int e = 0; e < meas_data->GetEntries(); e++)
876
            {
877
               sprintf(rdc, "ADC%d", j);
878
               meas_data->SetBranchAddress(rdc, &evtdata.adcdata[j]);
879
               meas_data->GetEntry(e);
880
 
881
               sprintf(rdc, "TDC%d", j);
882
               meas_data->SetBranchAddress(rdc, &evtdata.tdcdata[j]);
883
               meas_data->GetEntry(e);
884
 
885
               // If our data point is inside the TDC window
886
               if( ((double)evtdata.tdcdata[j]/tdctimeconversion >= rangetdc[0]) && ((double)evtdata.tdcdata[j]/tdctimeconversion <= rangetdc[1]) )
887
               {
888
                  // Gather only the integral of the pedestal
889
                  if((double)evtdata.adcdata[j] < (double)adcpedestal[0]+0.5 )
890
                  {
891
                     k2++;
892
                     m2 += evtdata.adcdata[j];
893
                  }
894
 
895
                  // Gather the complete integral
896
                  k++;
897
                  m += evtdata.adcdata[j];
898
               }
899
            }
900
 
901
            // Determine the angle, mu and relative PDE
902
            angle[i] = (double)(evtheader.angle);
903
            integralCount[i] += (double)m;
904
            printf("PhotonMu(): %lf: Complete integral (%d evts) = %lf\n", angle[i], k, integralCount[i]);
905
            integralPedestal[i] += (double)m2;
906
            printf("PhotonMu(): %lf: Pedestal integral (%d evts) = %lf\n", angle[i], k2, integralPedestal[i]);
907
            if( (angle[i] == zeroAngle->widgetNE[0]->GetNumber()) && (darkhist != i) )
908
               zeromu = i;
909
 
910
            muval[i] = -TMath::Log((double)k2/(double)k);
911
            printf("PhotonMu(): %lf: muval = %lf\n", angle[i], muval[i]);
912
 
913
            inroot->Close();
914
            delete inroot;
915
         }
916
 
917
         // Update the progress bar
918
         progVal = (float)(90.00/nrfiles)*i;
919
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
920
         gVirtualX->Update(1);
921
      }
922
 
923
      printf("PhotonMu(): %d files were selected.\n", nrfiles);
924
 
925
      printf("PhotonMu(): angle\tmu\trelative PDE\n");
926
      m = 0;
927
 
928
      // Set the 0 degree muval, reuse meansel[1]
929
      meansel[1] = muval[zeromu];
930
      printf("Zero value (id=%d, angle=%lf) = %lf\n", zeromu, angle[zeromu], meansel[1]);
931
 
932
      // TODO - point estimation still not working correctly!
933
      for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++)
934
      {
935
         // Estimate next point and check error (5 point least square fit estimation)
936
         if( ((i > 4) && (m == i)) || ((i > 5) && (m < i)) )
937
         {
938
            // Set exclude signal to false
939
            exclude = false;
940
 
941
            // Get next point values (if zero value -> need to add the dark hist value again)
942
            pointest[10] = angle[i];
943
            pointest[11] = muval[i];
944
 
945
            // Check if next point has larger error than acceptable (if yes, set exclude signal to true), reuse meansel[0]
946
            meansel[0] = PointEstimate(5, pointest);    // PointEstimate only works with very small step size
947
            if(meansel[0] > accError->widgetNE[0]->GetNumber())
948
            {
949
               printf("PhotonMu(): Point (%lf, %lf) excluded due to error: %lf\n", pointest[10], pointest[11], meansel[0]);
950
               exclude = true;
951
            }
952
 
953
            // Value with 0 angle and dark histogram are always needed, so should not be excluded
954
            if(i == darkhist)
955
               exclude = false;
956
 
957
            // If nothing excluded, pass the points in pointest variable like in a FIFO
958
            if(!exclude)
959
            {
960
               for(int j = 0; j < 10; j++)
961
               {
962
                  if(DBGSIG) printf("PhotonMu(): j = %d: Old X value = %lf\n", j, pointest[j]);
963
                  pointest[j] = pointest[j+2];
964
               }
965
            }
966
            else
967
            {
968
               for(int j = 0; j < 10; j++)
969
                  if(DBGSIG) printf("PhotonMu(): No j = %d: Old X value = %lf\n", j, pointest[j]);
970
            }
971
         }
972
         else
973
         {
974
            // First 5 points act as estimator points for next one
975
            pointest[2*m] = angle[i];
976
            pointest[2*m+1] = muval[i];
977
         }
978
 
979
         // Run only if we have a dark run histogram and middle pedestal peak estimation
980
         if( (darkhist != -1) && midPeak->widgetChBox[0]->IsDown() )
981
         {
982
            if(DBGSIG) printf("PhotonMu(): m = %d, i = %d: muval = %lf, ", m, i, muval[i]);
983
 
984
            // Subtract the dark value from all values
985
            angle[m] = angle[i];
986
            muval[m] = muval[i] - muval[darkhist];
987
 
988
            if(DBGSIG) printf("angle = %lf, newmuval = %lf, darkmuval = %lf, ", angle[m], muval[m], muval[darkhist]);
989
 
990
            // Calculate relative PDE
991
//          pdeval[m] = muval[m]/(muval[zeromu]*TMath::Cos(angle[m]*TMath::ACos(-1.)/180.));
992
            pdeval[m] = muval[m]/((meansel[1]-muval[darkhist])*TMath::Cos(angle[m]*TMath::ACos(-1.)/180.));
993
            if(DBGSIG) printf("pdeval = %lf\n", pdeval[m]);
994
 
995
            // Only increase counter if error is not too big
996
            if( (darkhist != i) && (!exclude) )
997
               m++;
998
         }
999
         else
1000
         {
1001
            // Relative PDE calculation
1002
            angle[m] = angle[i];
1003
            muval[m] = muval[i];
1004
//            pdeval[m] = muval[m]/(muval[zeromu]*TMath::Cos(angle[m]*TMath::ACos(-1.)/180.));
1005
            pdeval[m] = muval[m]/(meansel[1]*TMath::Cos(angle[m]*TMath::ACos(-1.)/180.));
1006
 
1007
            // Only increase counter if error is not too big
1008
            if(!exclude)
1009
               m++;
1010
         }
1011
         printf("PhotonMu(): %lf\t%lf\t%lf\n", angle[i], muval[i], pdeval[i]);
1012
      }
1013
 
1014
      if(DBGSIG) printf("\n");
1015
      if(darkhist != -1)
1016
         printf("PhotonMu(): Number of excluded points: %d\n", (nrfiles-1-m));
1017
      else
1018
         printf("PhotonMu(): Number of excluded points: %d\n", (nrfiles-m));
1019
 
1020
      // Plot mu and PDE angle dependance plots
1021
      if(edit == 0)
1022
         gCanvas = new TCanvas("canv","canv",1200,900);
1023
      else if(edit == 1)
1024
         gCanvas = tempAnalysisCanvas->GetCanvas();
1025
      gCanvas->cd();
1026
      gCanvas->SetGrid();
1027
 
1028
      TGraph *pde = new TGraph(m, angle, pdeval);
1029
      pde->SetMarkerStyle(21);
1030
      pde->SetMarkerSize(0.7);
1031
      pde->SetMarkerColor(2);
1032
      pde->SetLineWidth(1);
1033
      pde->SetLineColor(2);
1034
      pde->GetXaxis()->SetLabelSize(0.030);
1035
      pde->GetXaxis()->CenterTitle();
1036
//      pde->GetXaxis()->SetRange(angle[0],angle[nrfiles-1]);
1037
//      pde->GetXaxis()->SetRangeUser(angle[0],angle[nrfiles-1]);
1038
      pde->GetXaxis()->SetRange(-90,90);
1039
      pde->GetXaxis()->SetRangeUser(-90,90);
1040
      pde->GetXaxis()->SetLimits(-90,90);
1041
      pde->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
1042
      pde->GetYaxis()->SetLabelSize(0.030);
1043
      pde->GetYaxis()->CenterTitle();
1044
      pde->GetYaxis()->SetRangeUser(0., 1.2);
1045
      pde->SetName("pde");
1046
      pde->Draw("ALP");
1047
 
1048
      pde->SetTitle(";Incidence angle (#circ);Relative PDE(#theta) / #mu(#theta)");
1049
 
1050
      TGraph *mugr = new TGraph(m, angle, muval);
1051
      mugr->SetMarkerStyle(20);
1052
      mugr->SetMarkerSize(0.7);
1053
      mugr->SetMarkerColor(4);
1054
      mugr->SetLineWidth(1);
1055
      mugr->SetLineColor(4);
1056
      mugr->SetName("muval");
1057
      mugr->Draw("SAME;LP");
1058
 
1059
      gCanvas->Modified();
1060
      gCanvas->Update();
1061
 
1062
      if(edit == 0)
1063
      {
1064
         remove_from_last((char*)files->At(0)->GetTitle(), '_', ctemp);
1065
         sprintf(exportname, "%s_pde.pdf", ctemp);
1066
         gCanvas->SaveAs(exportname);
1067
 
1068
         delete mugr;
1069
         delete pde;
1070
         delete gCanvas;
1071
      }
1072
      else if(edit == 1)
1073
      {
1074
         gCanvas->Modified();
1075
         gCanvas->Update();
1076
      }
1077
 
1078
      // Update the progress bar
1079
      analysisProgress->widgetPB->SetPosition(100.);
1080
      gVirtualX->Update(1);
1081
   }
1082
}
1083
 
1084
void TGAppMainFrame::BreakdownVolt(TList *files, int edit)
1085
{
1086
   unsigned int nrfiles = files->GetSize();
1087
   char ctemp[1024];
1088
   char exportname[1024];
1089
   char paramname[1024];
1090
   int j, k = 0;
1091
 
1092
   TCanvas *gCanvas;
1093
   TTree *header_data, *meas_data;
1094
 
1095
   // Fitting variables
1096
   TSpectrum *spec;
1097
   TH1F *histtemp;
1098
   TH1 *histback;
1099
   TH1F *h2;
1100
   float *xpeaks;
1101
   TF1 *fit;
1102
   TF1 *fittingfunc;
1103
   TLatex *latex;
1104
   double *fparam, *fparamerr;
1105
   double meansel[20];
1106
   double meanselerr[20];
1107
   double sigmasel[20];
1108
   double meanparam, meanparamerr, paramsigma;
1109
   int sortindex[20];
1110
   bool exclude = false;
1111
 
1112
   int p = 0;
1113
   double volt[nrfiles], volterr[nrfiles], sep[3][nrfiles], seperr[3][nrfiles];
1114
   int first = 1;
1115
 
1116
   FILE *fp;
1117
   remove_from_last((char*)files->At(0)->GetTitle(), '_', ctemp);
1118
   sprintf(paramname, "%s_fitresult.txt", ctemp);
1119
   fp = fopen(paramname, "w");
1120
   fclose(fp);
1121
 
1122
   int peaklimit = minPeak->widgetNE[0]->GetNumber()+1; // +1 to account for the pedestal peak
1123
 
1124
   // Zero the parameter values
1125
   for(int i = 0; i < nrfiles; i++)
1126
   {
1127
      volt[i] = 0; volterr[i] = 0;
1128
      sep[0][i] = 0; sep[1][i] = 0; sep[2][i] = 0;
1129
      seperr[0][i] = 0; seperr[1][i] = 0; seperr[2][i] = 0;
1130
      if(i < 20) { meansel[i] = 0; meanselerr[i] = 0; sigmasel[i] = 0; }
1131
   }
1132
 
1133
   float progVal = 0;
1134
   analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
1135
   gVirtualX->Update(1);
1136
 
1137
   // Start if we select at least one file
1138
   if(nrfiles > 0)
1139
   {
1140
      for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++)
1141
      {
1142
         if(files->At(i))
1143
         {
1144
            // Replot the spectrum on analysisCanvas and do not close the input file
1145
            DisplayHistogram( (char*)(files->At(i)->GetTitle()), 0, 1);
1146
            analysisCanvas->GetCanvas()->Modified();
1147
            analysisCanvas->GetCanvas()->Update();
1148
 
1149
            // Get the spectrum
1150
            histtemp = (TH1F*)analysisCanvas->GetCanvas()->GetPrimitive(histname);
1151
            npeaks = 15;
1152
            double par[300];
1153
            spec = new TSpectrum(npeaks);
1154
            // Find spectrum background
1155
            histback = spec->Background(histtemp, (int)fitInter->widgetNE[0]->GetNumber(), "same");
1156
            // Clone histogram and subtract background from it if we select that option
1157
            h2 = (TH1F*)histtemp->Clone("h2");
1158
            if(fitChecks->widgetChBox[0]->IsDown())
1159
               h2->Add(histback, -1);
1160
            // Search for the peaks
1161
            int found = spec->Search(h2, fitSigma->widgetNE[0]->GetNumber(), "goff", fitTresh->widgetNE[0]->GetNumber() );
1162
            printf("BreakdownVolt(): Found %d candidates to fit.\n",found);
1163
            npeaks = found;
1164
 
1165
            // Set initial peak parameters
1166
            xpeaks = spec->GetPositionX();
1167
            for(j = 0; j < found; j++)
1168
            {
1169
               float xp = xpeaks[j];
1170
               int bin = h2->GetXaxis()->FindBin(xp);
1171
               float yp = h2->GetBinContent(bin);
1172
               par[3*j] = yp;
1173
               par[3*j+1] = xp;
1174
               par[3*j+2] = (double)fitSigma->widgetNE[0]->GetNumber();
1175
            }
1176
 
1177
            // Fit the histogram
1178
            fit = new TF1("fit", FindPeaks, adcRange->widgetNE[0]->GetNumber(), adcRange->widgetNE[1]->GetNumber(), 3*npeaks);
1179
            TVirtualFitter::Fitter(histtemp, 3*npeaks);
1180
            fit->SetParameters(par);
1181
            fit->SetNpx(300);
1182
            h2->Fit("fit","Q");
1183
            // Get the fitted parameters
1184
            fittingfunc = h2->GetFunction("fit");
1185
            if(nrfiles == 1)    // TODO: Show the fit if only one file is selected
1186
               fittingfunc->Draw("SAME");
1187
            fparam = fittingfunc->GetParameters();
1188
            fparamerr = fittingfunc->GetParErrors();
1189
 
1190
            // Gather the parameters (mean peak value for now)
1191
            int j = 1;
1192
            int nrfit = 0;
1193
            while(1)
1194
            {
1195
               if( (fparam[j] < 1.E-30) || (fparamerr[j] < 1.E-10) )// TODO: Maybe not correct for the error
1196
                  break;
1197
               else
1198
               {
1199
                  // Check if pedestal is above the lower limit and sigma is smaller than the mean
1200
                  if( (fparam[j] > pedesLow->widgetNE[0]->GetNumber()) && ((double)fparamerr[j]/fparam[j] < accError->widgetNE[0]->GetNumber()) )
1201
                  {
1202
                     meansel[nrfit] = fparam[j];
1203
                     meanselerr[nrfit] = fparamerr[j];
1204
                     sigmasel[nrfit] = fparam[j+1];
1205
                     nrfit++;
1206
                  }
1207
               }
1208
 
1209
               j+=3;
1210
            }
1211
            TMath::Sort(nrfit, meansel, sortindex, kFALSE);
1212
 
1213
            meanparam = meansel[sortindex[0]];
1214
            meanparamerr = meanselerr[sortindex[0]];
1215
            paramsigma = sigmasel[sortindex[0]];
1216
 
1217
            for(j = 0; j < nrfit; j++)
1218
            {
1219
               if(DBGSIG)
1220
                  printf("BreakdownVolt(): %d: peak mean = %lf, peak err = %lf\n", j, meansel[sortindex[j]], meanselerr[sortindex[j]]);
1221
            }
1222
 
1223
            // Delete the opened histogram and spectrum
1224
            delete spec;
1225
            delete inroot;
1226
 
1227
            // Open the input file and read header, ADC and TDC values
1228
            sprintf(ctemp, "%s", files->At(i)->GetTitle());
1229
            inroot = new TFile(ctemp, "READ");
1230
 
1231
            inroot->GetObject("header_data", header_data);
1232
            inroot->GetObject("meas_data", meas_data);
1233
 
1234
            // Reading the header
1235
            if( header_data->FindBranch("biasvolt") )
1236
            {
1237
               header_data->SetBranchAddress("biasvolt", &evtheader.biasvolt);
1238
               header_data->GetEntry(0);
1239
            }
1240
            else
1241
            {
1242
               printf("BreakdownVolt(): Error! Selected file has no bias voltage header value. Please edit header to add the bias voltage header value.\n");
1243
               break;
1244
            }
1245
 
1246
//            h2->SetStats(0);
1247
 
1248
            analysisCanvas->GetCanvas()->Modified();
1249
            analysisCanvas->GetCanvas()->Update();
1250
 
1251
            // Save each fitting plot
1252
            if(fitChecks->widgetChBox[1]->IsDown())     // TODO: Check if this works
1253
            {
1254
               remove_ext((char*)files->At(i)->GetTitle(), ctemp);
1255
               sprintf(exportname, "%s_fit.pdf", ctemp);
1256
               analysisCanvas->GetCanvas()->SaveAs(exportname);
1257
            }
1258
 
1259
            // Calculate the separation between peaks
1260
            volt[p] = evtheader.biasvolt;
1261
            volterr[p] = 1.e-5;
1262
 
1263
            if(nrfit == 3)
1264
            {
1265
               sep[0][p] = meansel[sortindex[2]] - meansel[sortindex[1]];
1266
               seperr[0][p] = TMath::Abs(meanselerr[sortindex[2]]) + TMath::Abs(meanselerr[sortindex[1]]);
1267
 
1268
               exclude = (seperr[0][p]/sep[0][p] < accError->widgetNE[0]->GetNumber());
1269
            }
1270
            else if(nrfit == 4)
1271
            {
1272
               sep[0][p] = meansel[sortindex[2]] - meansel[sortindex[1]];
1273
               sep[1][p] = meansel[sortindex[3]] - meansel[sortindex[2]];
1274
               seperr[0][p] = TMath::Abs(meanselerr[sortindex[2]]) + TMath::Abs(meanselerr[sortindex[1]]);
1275
               seperr[1][p] = TMath::Abs(meanselerr[sortindex[3]]) + TMath::Abs(meanselerr[sortindex[2]]);
1276
 
1277
               exclude = ((seperr[0][p]/sep[0][p] < accError->widgetNE[0]->GetNumber()) && (seperr[1][p]/sep[1][p] < accError->widgetNE[0]->GetNumber()));
1278
            }
1279
            else if(nrfit > 4)
1280
            {
1281
               sep[0][p] = meansel[sortindex[2]] - meansel[sortindex[1]];
1282
               sep[1][p] = meansel[sortindex[3]] - meansel[sortindex[2]];
1283
               sep[2][p] = meansel[sortindex[4]] - meansel[sortindex[3]];
1284
               seperr[0][p] = TMath::Abs(meanselerr[sortindex[2]]) + TMath::Abs(meanselerr[sortindex[1]]);
1285
               seperr[1][p] = TMath::Abs(meanselerr[sortindex[3]]) + TMath::Abs(meanselerr[sortindex[2]]);
1286
               seperr[2][p] = TMath::Abs(meanselerr[sortindex[4]]) + TMath::Abs(meanselerr[sortindex[3]]);
1287
 
1288
               exclude = ((seperr[0][p]/sep[0][p] < accError->widgetNE[0]->GetNumber()) && (seperr[1][p]/sep[1][p] < accError->widgetNE[0]->GetNumber()) && (seperr[2][p]/sep[2][p] < accError->widgetNE[0]->GetNumber()));
1289
            }
1290
            else
1291
            {
1292
               printf("BreakdownVolt(): The current separation measurements does not fall within acceptable errors.\n");
1293
               exclude = false;
1294
            }
1295
 
1296
            // Write out parameters to a file
1297
            fp = fopen(paramname, "a");
1298
            if(exclude)
1299
            {
1300
               if(first == 1)
1301
               {
1302
                  fprintf(fp, "%le\t%d\t", evtheader.biasvolt, nrfit);
1303
                  for(j = 0; j < nrfit; j++)
1304
                     fprintf(fp, "%le\t%le\t", meansel[sortindex[j]], meanselerr[sortindex[j]]);
1305
                  fprintf(fp,"\n");
1306
                  first = 0;
1307
               }
1308
               p++;
1309
            }
1310
            else
1311
            {
1312
               if(nrfit == 3)
1313
                  printf("Point (at %.2lfV) rejected due to too large errors: %lf\n", volt[p], seperr[0][p]/sep[0][p]);
1314
               else if(nrfit == 4)
1315
                  printf("Point (at %.2lfV) rejected due to too large errors: %lf, %lf\n", volt[p], seperr[0][p]/sep[0][p], seperr[1][p]/sep[1][p]);
1316
               else if(nrfit > 4)
1317
                  printf("Point (at %.2lfV) rejected due to too large errors: %lf, %lf, %lf\n", volt[p], seperr[0][p]/sep[0][p], seperr[1][p]/sep[1][p], seperr[2][p]/sep[2][p]);
1318
            }
1319
            fclose(fp);
1320
         }
1321
 
1322
         if(nrfiles == 1) break;
1323
         first = 1;
1324
 
1325
         // Update the progress bar
1326
         progVal = (float)(90.00/nrfiles)*i;
1327
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
1328
         gVirtualX->Update(1);
1329
      }
1330
 
1331
      printf("BreakdownVolt(): %d files were selected.\n", nrfiles);
1332
      printf("BreakdownVolt(): Number of points to plot is %d\n", p);
1333
 
1334
      // Plot and fit breakdown voltage plot
1335
      if(edit == 0)
1336
         gCanvas = new TCanvas("canv","canv",1200,900);
1337
      else if(edit == 1)
1338
         gCanvas = tempAnalysisCanvas->GetCanvas();
1339
      gCanvas->cd();
1340
      gCanvas->SetGrid();
1341
 
1342
      TGraphErrors* bdplot;
1343
      k = peakSepCalc->widgetNE[0]->GetNumber();
1344
      if(k < 4)
1345
         bdplot = new TGraphErrors(p, volt, sep[k-1], volterr, seperr[k-1]);
1346
      else
1347
      {
1348
         printf("BreakdownVold(): Unsupported peak separation selected (%d).\n", k);
1349
         return;
1350
      }
1351
 
1352
      bdplot->SetMarkerStyle(20);
1353
      bdplot->SetMarkerSize(0.4);
1354
      bdplot->SetMarkerColor(kBlue);
1355
      bdplot->SetLineWidth(1);
1356
      bdplot->SetLineColor(kBlue);
1357
      bdplot->GetXaxis()->SetLabelSize(0.030);
1358
      bdplot->GetXaxis()->CenterTitle();
1359
//      bdplot->GetXaxis()->SetRange(-90,90);
1360
//      bdplot->GetXaxis()->SetRangeUser(-90,90);
1361
//      bdplot->GetXaxis()->SetLimits(-90,90);
1362
      bdplot->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
1363
      bdplot->GetYaxis()->SetLabelSize(0.030);
1364
      bdplot->GetYaxis()->CenterTitle();
1365
//      bdplot->GetYaxis()->SetRangeUser(0., 1.2);
1366
      bdplot->SetName("bdplot");
1367
      bdplot->Draw("AP");
1368
      bdplot->SetTitle(";Bias voltage (V);Peak separation");
1369
 
1370
      // Fit the breakdown voltage plot with a line
1371
      bdplot->Fit("pol1","Q");
1372
 
1373
      TF1 *fit1 = bdplot->GetFunction("pol1");
1374
      meansel[0] = fit1->GetParameter(0);
1375
      meanselerr[0] = fit1->GetParError(0);
1376
      meansel[1] = fit1->GetParameter(1);
1377
      meanselerr[1] = fit1->GetParError(1);
1378
 
1379
      meansel[2] = -meansel[0]/meansel[1];
1380
      if(!cleanPlots)
1381
      {
1382
         sprintf(ctemp, "#splitline{#Delta_{p}(U) = (%.2lf #pm %.2lf)#timesU + (%.2lf #pm %.3lf)}{U_{0} = %.2lf #pm %.3lf}", meansel[0], meanselerr[0], meansel[1], meanselerr[1], meansel[2], meansel[2]*(TMath::Abs(meanselerr[0]/meansel[0]) + TMath::Abs(meanselerr[1]/meansel[1])) );
1383
         latex = new TLatex();
1384
         latex->SetTextSize(0.039);
1385
         latex->DrawLatex(volt[0], 0.97*sep[0][sortindex[p-1]], ctemp);
1386
      }
1387
      else
1388
         printf("#Delta_{p}(U) = (%.2lf #pm %.2lf)#timesU + (%.2lf #pm %.3lf)}{U_{0} = %.2lf #pm %.3lf", meansel[0], meanselerr[0], meansel[1], meanselerr[1], meansel[2], meansel[2]*(TMath::Abs(meanselerr[0]/meansel[0]) + TMath::Abs(meanselerr[1]/meansel[1])) );
1389
 
1390
      if(edit == 0)
1391
      {
1392
         remove_from_last((char*)files->At(0)->GetTitle(), '_', ctemp);
1393
         sprintf(exportname, "%s_breakdown.pdf", ctemp);
1394
         gCanvas->SaveAs(exportname);
1395
 
1396
         delete bdplot;
1397
         delete gCanvas;
1398
      }
1399
      else if(edit == 1)
1400
      {
1401
         gCanvas->Modified();
1402
         gCanvas->Update();
1403
      }
1404
 
1405
      // Update the progress bar
1406
      analysisProgress->widgetPB->SetPosition(100.);
1407
      gVirtualX->Update(1);
1408
   }
1409
}
1410
 
1411
void TGAppMainFrame::SurfaceScan(TList *files, int edit)
1412
{
1413
   unsigned int nrfiles = files->GetSize();
1414
   char ctemp[1024];
1415
   char exportname[1024];
1416
   int j, k = 0, m = 0, n = 0;
1417
 
1418
   TTree *header_data, *meas_data;
1419
   double *integralCount;
1420
   integralCount = new double[nrfiles];
1421
   double *surfx, *surfy;
1422
   surfx = new double[nrfiles];
1423
   surfy = new double[nrfiles];
1424
   double xsurfmin = 0, ysurfmin = 0;
1425
   int nrentries;
1426
//   double minInteg, maxInteg;
1427
   bool norm = surfScanOpt->widgetChBox[0]->IsDown();
1428
//   double curzval;
1429
//   bool edge2d = false;
1430
 
1431
   TCanvas *gCanvas;
1432
 
1433
   float progVal = 0;
1434
   analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
1435
   gVirtualX->Update(1);
1436
 
1437
   // Zero the integral count and accumulated vaules
1438
   for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++) integralCount[i] = 0;
1439
 
1440
   // Start if we select at more than one file
1441
   if( (nrfiles > 1) && (multiSelect->widgetChBox[0]->IsOn()) )
1442
   {
1443
      printf("SurfaceScan(): Creating a surface plot. Please wait...\n");
1444
      for(int i = 0; i < (int)nrfiles; i++)
1445
      {
1446
         if(files->At(i))
1447
         {
1448
            n++;
1449
            // Read the X and Y positions from header and ADC and TDC values from the measurements
1450
            sprintf(ctemp, "%s", files->At(i)->GetTitle());
1451
            inroot = new TFile(ctemp, "READ");
1452
 
1453
            inroot->GetObject("header_data", header_data);
1454
            inroot->GetObject("meas_data", meas_data);
1455
 
1456
            header_data->SetBranchAddress("xpos", &evtheader.xpos);
1457
            header_data->GetEntry(0);
1458
            header_data->SetBranchAddress("ypos", &evtheader.ypos);
1459
            header_data->GetEntry(0);
1460
 
1461
            char rdc[256];
1462
            j = selectCh->widgetNE[0]->GetNumber();
1463
            double rangetdc[2];
1464
            rangetdc[0] = tdcRange->widgetNE[0]->GetNumber();
1465
            rangetdc[1] = tdcRange->widgetNE[1]->GetNumber();
1466
 
1467
            k = 0;
1468
            m = 0;
1469
 
1470
            // Reading the data
1471
            for(int e = 0; e < meas_data->GetEntries(); e++)
1472
            {
1473
               sprintf(rdc, "ADC%d", j);
1474
               meas_data->SetBranchAddress(rdc, &evtdata.adcdata[j]);
1475
               meas_data->GetEntry(e);
1476
 
1477
               sprintf(rdc, "TDC%d", j);
1478
               meas_data->SetBranchAddress(rdc, &evtdata.tdcdata[j]);
1479
               meas_data->GetEntry(e);
1480
 
1481
               // Use data point only if it is inside the TDC window
1482
               if( ((double)evtdata.tdcdata[j]/tdctimeconversion >= rangetdc[0]) && ((double)evtdata.tdcdata[j]/tdctimeconversion <= rangetdc[1]) )
1483
               {
1484
                  k++;
1485
                  m += evtdata.adcdata[j];
1486
               }
1487
            }
1488
 
1489
            // X, Y and Z values from each file (table units or microns)
1490
            if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
1491
            {
1492
               if(n == 1)
1493
               {
1494
                  xsurfmin = (double)(evtheader.xpos);
1495
                  ysurfmin = (double)(evtheader.ypos);
1496
               }
1497
 
1498
               surfx[i] = (double)(evtheader.xpos);
1499
               surfy[i] = (double)(evtheader.ypos);
1500
            }
1501
            else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
1502
            {
1503
               if(n == 1)
1504
               {
1505
                  xsurfmin = (double)(evtheader.xpos*lenconversion);
1506
                  ysurfmin = (double)(evtheader.ypos*lenconversion);
1507
               }
1508
 
1509
               surfx[i] = (double)(evtheader.xpos*lenconversion);
1510
               surfy[i] = (double)(evtheader.ypos*lenconversion);
1511
            }
1512
 
1513
            // Save result for later plotting
1514
            if(norm)
1515
               integralCount[i] += ((double)m)/((double)k);
1516
            else
1517
               integralCount[i] += m;
1518
 
1519
            inroot->Close();
1520
            delete inroot;
1521
         }
1522
 
1523
         // Update the progress bar
1524
         progVal = (float)(75.00/nrfiles)*i;
1525
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
1526
         gVirtualX->Update(1);
1527
      }
1528
 
1529
      nrentries = n;
1530
      printf("SurfaceScan(): %d files were selected.\n", nrfiles);
1531
 
1532
//      // If only an integral is needed, do not plot and exit here
1533
//      if( direction == 0 )
1534
//      {
1535
//         delete[] integralCount;
1536
//         delete[] surfxy;
1537
//         delete[] surfz;
1538
//         return;
1539
//      }
1540
// 
1541
//      // Current z value and the accumulated counter
1542
//      curzval = surfz[0];
1543
//      j = 0;
1544
//      int acc = 0;
1545
//      int zb;
1546
//      for(int i = 0; i <= (int)nrfiles; i++)
1547
//      {
1548
//         // Collect the accumulated integral in order to produce a PDF from a CDF
1549
//         // While we are at the same Z value, save under one set
1550
//         if( (surfz[i] == curzval) && (acc != nrfiles) )
1551
//         {
1552
//            integralAcc[j] = integralCount[i];
1553
//            if(DBGSIG) printf("IntegSpectrum(): Integral check 1 (i=%d,j=%d,z=%.2lf): %lf\t%lf\n", i, j, surfz[i], integralCount[i], integralAcc[j]);
1554
//            j++;
1555
//            acc++;
1556
//         }
1557
//         // When we switch to a new set of Z values and at the end, we must save the previous ones to make 1D edge plots
1558
//         else
1559
//         {
1560
//            // Find minimal and maximal integral values to subtract the offset and normate PDF to 1
1561
//            NormateSet(i, j, &minInteg, &maxInteg, integralCount, integralAcc);
1562
// 
1563
//            if(acc != nrfiles)
1564
//            {
1565
//               curzval = surfz[i];
1566
//               // PDF and CDF plot
1567
//               PlotEdgeDistribution(files, i, j, &minInteg, &maxInteg, surfxy, integralAcc, direction, edge2d, edit);
1568
//               i--;
1569
//               j = 0;
1570
//            }
1571
//            else
1572
//            {
1573
//               // PDF and CDF plot
1574
//               PlotEdgeDistribution(files, i, j, &minInteg, &maxInteg, surfxy, integralAcc, direction, edge2d, edit);
1575
//               i--;
1576
//               break;
1577
//            }
1578
//         }
1579
// 
1580
//         // Update the progress bar
1581
//         progVal = (float)(15.00/nrfiles)*i+75.00;
1582
//         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
1583
//         gVirtualX->Update(1);
1584
//      }
1585
 
1586
      // Make the 2D surface plot
1587
      if(edit == 0)
1588
         gCanvas = new TCanvas("canv","canv",1100,900);
1589
      else
1590
         gCanvas = tempAnalysisCanvas->GetCanvas();
1591
 
1592
      double range[4];
1593
      TGraph2D *gScan2D;
1594
      gScan2D = new TGraph2D();
1595
      range[0] = TMath::MinElement(nrfiles, surfx);
1596
      range[1] = TMath::MaxElement(nrfiles, surfx);
1597
      range[2] = TMath::MinElement(nrfiles, surfy);
1598
      range[3] = TMath::MaxElement(nrfiles, surfy);
1599
 
1600
      for(int i = 0; i < nrfiles; i++)
1601
      {
1602
         if(DBGSIG)
1603
         {
1604
            if(surfScanOpt->widgetChBox[1]->IsDown())
1605
               printf("SurfaceScan(): %.2lf\t%.2lf\t%lf\n", surfx[i]-range[0], surfy[i]-range[2], integralCount[i]);
1606
            else
1607
               printf("SurfaceScan(): %.2lf\t%.2lf\t%lf\n", surfx[i], surfy[i], integralCount[i]);
1608
         }
1609
 
1610
         if(surfScanOpt->widgetChBox[1]->IsDown())
1611
            gScan2D->SetPoint(i, surfx[i]-range[0], surfy[i]-range[2], integralCount[i]);
1612
         else
1613
            gScan2D->SetPoint(i, surfx[i], surfy[i], integralCount[i]);
1614
 
1615
         // Update the progress bar
1616
         progVal = (float)(9.00/nrfiles)*i+90.00;
1617
         analysisProgress->widgetPB->SetPosition(progVal);
1618
         gVirtualX->Update(1);
1619
      }
1620
 
1621
      if(surfScanOpt->widgetChBox[1]->IsDown())
1622
      {
1623
         range[1] -= range[0];
1624
         range[3] -= range[2];
1625
         range[0] -= range[0];
1626
         range[2] -= range[2];
1627
      }
1628
 
1629
      gCanvas->cd();
1630
      gStyle->SetPalette(1);
1631
      gCanvas->SetLeftMargin(0.15);
1632
      gCanvas->SetRightMargin(0.126);
1633
      gCanvas->SetTopMargin(0.077);
1634
      gScan2D->Draw("COLZ");
1635
 
1636
      gCanvas->Modified();
1637
      gCanvas->Update();
1638
 
1639
      if(!cleanPlots)
1640
      {
1641
         if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
1642
            gScan2D->SetTitle("Surface scan;X [table units];Y [table units]");
1643
         else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
1644
            gScan2D->SetTitle("Surface scan;X [#mum];Y [#mum]");
1645
      }
1646
      else
1647
      {
1648
         if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 0)
1649
            gScan2D->SetTitle(";X [table units];Y [table units]");
1650
         else if(posUnits->widgetCB->GetSelected() == 1)
1651
            gScan2D->SetTitle(";X [#mum];Y [#mum]");
1652
      }
1653
/*      TGaxis *xax = (TGaxis*)gScan2D->GetXaxis();
1654
      xax->SetMaxDigits(4);
1655
      TGaxis *yax = (TGaxis*)gScan2D->GetYaxis();
1656
      yax->SetMaxDigits(4);*/
1657
 
1658
      gScan2D->SetNpx((int)resolSurf->widgetNE[0]->GetNumber());
1659
      gScan2D->SetNpy((int)resolSurf->widgetNE[1]->GetNumber());
1660
 
1661
      gCanvas->Modified();
1662
      gCanvas->Update();
1663
 
1664
      gScan2D->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
1665
      gScan2D->GetXaxis()->CenterTitle(kTRUE);
1666
      gScan2D->GetXaxis()->SetLabelSize(0.027);
1667
      gScan2D->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
1668
      gScan2D->GetXaxis()->SetRangeUser(range[0], range[1]);
1669
      gScan2D->GetXaxis()->SetNoExponent(kTRUE);
1670
      gScan2D->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.9);
1671
      gScan2D->GetYaxis()->CenterTitle(kTRUE);
1672
      gScan2D->GetYaxis()->SetLabelSize(0.027);
1673
      gScan2D->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
1674
      gScan2D->GetYaxis()->SetRangeUser(range[2], range[3]);
1675
      gScan2D->GetYaxis()->SetNoExponent(kTRUE);
1676
 
1677
      gCanvas->Modified();
1678
      gCanvas->Update();
1679
 
1680
      remove_from_last((char*)files->At(0)->GetTitle(), '_', ctemp);
1681
      sprintf(exportname, "%s_surfscan.pdf", ctemp);
1682
      gCanvas->SaveAs(exportname);
1683
 
1684
      // Update the progress bar
1685
      analysisProgress->widgetPB->SetPosition(100.0);
1686
      gVirtualX->Update(1);
1687
 
1688
      if(edit == 0)
1689
      {
1690
         delete gScan2D;
1691
         delete gCanvas;
1692
      }
1693
      else if(edit == 1)
1694
      {
1695
         gCanvas->Modified();
1696
         gCanvas->Update();
1697
      }
1698
   }
1699
}